
Ese mismo año es destinado al Colegio San Agustín de Zaragoza (España), donde ha permanecido dos décadas trabajando en la docencia, en el Departamento de Pastoral y ocupando cargos directivos. Al mismo tiempo ha colaborado en la pastoral parroquial y diocesana, siendo Vicario Parroquial en la Parroquia Santa Rita de Casia, Consiliario del grupo agustiniano Casiciaco, profesor en la Escuela de Catequistas de la Diócesis de Zaragoza y miembro del Equipo Diocesano de Catequesis de la misma ciudad.
Desde el año 1998 es Consejero Provincial, teniendo a su cargo durante doce años el Área de Pastoral de la Provincia Agustiniana del Santísimo Nombre de Jesús de Filipinas y, desde mediados del año 2010, el Área de Educación. Asimismo, ha estado asignado a misiones en Colombia y Tanzania, y también había visitado Iquitos con anterioridad junto con un grupo de voluntarios.
En febrero 2011 ha sido nombrado por el Papa Benedicto XVI, vicario apostólico de Iquitos. En el momento de su nombramiento el P. Miguel Olaortua Laspra, además de Consejero Provincial, era Prior de la Comunidad de Zaragoza, Director del Colegio y Vicario Parroquial. El dia 22 de mayo 2011 tomó posesion del Vicariato de Iquitos.
El 8 de agosto el Papa Benedicto XVI aceptó la renuncia del Obispo Alberto Campos Hernández al gobierno de nuestro Vicariato y nombró a Miguel Olaortúa Laspra administrador apostólico "sede vacante et nutum Sanctae Sedis".